Nach der Reformation war das katholische Leben in Bern bis 1799 verboten. Napoleon garantierte in Bern die Freiheit der Religionsausübung für Katholiken. Am 9. Juni feierte Père Jean-Baptist Girard im Chor des Berner Münster offiziell den ersten katholischen Gottesdienst nach der Reformation. Mit der Abschaffung der durch Napoleon begründeten helvetischen Republik waren die Katholiken ab 1803 nur mehr wieder geduldet, die Fortsetzung des katholischen Gottesdienstes aber weiterhin erlaubt.
 

Nachdem die zunächst katholische Kirche St. Peter und Paul im Zuge des Kulturkampfs den Christkatholiken zugesprochen wurde und die Katholiken in der Folge erneut «heimatlos» waren, wurde in Ermangelung einer katholischen Kirche die Dreifaltigkeitskirche gebaut und 1899 eingeweiht. Der Bedarf entstand auf Grund der zunehmenden Zahl der Katholik:innen, die aus anderen Kantonen in die Bundesstadt zogen, sowie der Arbeitsmigrant:innen aus dem benachbarten Italien. Die spätere Basilica Dreifaltigkeit gilt seitdem als «Mutterkirche» der Katholischen Kirche Region Bern.