In ihrem Büro in der Berner Länggasse führt die Geschäftsstelle die Geschäfte der Gesamtkirchgemeinde und erledigt die ihr vom Grossen- und Kleinen Kirchenrat übertragenen Aufgaben.

Sie sorgt insbesondere für den Unterhalt der Liegenschaften, die Besoldung der Mitarbeitenden, das Steuerwesen und den Zahlungsverkehr der Gesamtkirchgemeinde und der örtlichen Kirchgemeinden. Ferner führt sie die Mitgliederdatenbank und stellt die IT-Infrastruktur in Geschäftsstelle, Pastoralraum Region Bern und Pfarreien sicher.